Duarte da Costa foi um nobre português membro do Conselho Real que governou o Brasil sob a forma de Governo-Geral de 1553 a 1558. O segundo governador-geral do Brasil trouxe com ele cerca de 250 pessoas, entre elas o noviço José de Anchieta e o padre Manoel da Nóbrega, fundadores do colégio jesuíta que daria origem à cidade de São Paulo.
O governo de Duarte da Costa foi marcado pelo combate às resistências indígenas na região, principalmente na região do Recôncavo baiano, sendo que estas representavam um empecilho à colonização. Durante esse período também, Duarte da Costa elaborou expedições em busca de riquezas minerais pelo interior do Brasil.
Em 1555, os franceses invadiram o Rio de Janeiro em busca da exploração do pau-brasil no litoral sul e de um espaço onde os protestantes pudessem exercer sua religião de forma livre. Sob o comando de Nicolau Durand de Villegaignon, os franceses fizeram amizade com os índios tupinambás e conseguiram seu apoio. Os índios tupinambás se uniram e revoltaram contra os portugueses, na chamada Confederação de Tamoios.
Durante o governo de Duarte da Costa, houve um significativo incidente entre o bispo D. Pero Fernandes Sardinha e o filho de Duarte da Costa, D. Álvaro da Costa. O bispo criticava duramente as atitudes, o mau comportamento e a agressividade de D.Álvaro. A população de Salvador se dividiu entre os que apoiavam o bispo e D. Álvaro, gerando um enorme desgaste ao governo-geral. Portugal convocou D.Pero a dar explicações, no entanto seu navio afundou e os sobreviventes foram mortos por índios caetés.
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